Na crash testu bezbednosti nezavisne organizacije EuroNCAP (European New Car Assessment Programme), Škodin novi adut, Fabia II nije baš zablistao. Iako rezultat od četiri zvezdice za sigurnost odraslih putnika (od mogućih pet) naravno nije katastrofa, treba reći da je istu ocenu dobila i prva Fabia još 2000. godine. Drugim rečima, ako je pre sedam godina to bio dobar rezultat, danas je situacija sasvim drugačija, pa četiri zvezdice pre predstavljaju neuspeh nego uspeh. Konkurenti Fabije II poput Fiata Grande Punto, Opel Corse, Peugeota 207, Toyote Yaris ili Renaulta Clio, bez problema su osvojili maksimalnih pet zvezdica za bezbednost odraslih putnika. Što se tiče sigurnosti dece, Fabia je osvojila tri od mogućih pet zvezdica a za bezbednost pešaka dobila je samo dve od mogućih četiri. Da podsetimo, organizacija EuroNCAP ispituje bezbednost automobila frontalnim udarom u čvrstu prepreku pri brzini od 64 km/h, zatim bočnim udarom od 50 km/h i naletom na lutke (koje simuliraju pešake) pri brzini od 40 km/h.